Podemos baja gratuitamente eMule desde este enlace haciendo clic en la opción Descarga del menú de la izquierda:
A continuación localizaremos y haremos clic en el enlace de descarga de la última versión disponible del programa para que comience la descarga.
Tras ejecutar el archivo que hemos descargado, seleccionaremos el idioma y hacemos clic en el botón OK:
En la pantalla de bienvenida haremos clic en Siguiente:
En el Acuerdo de licencia haremos clic en Acepto:
En la siguiente ventana, comprobaremos que estén marcadas ambas casillas y haremos clic en Siguiente:
Marcamos Uso compartido si el programa es usado por varias personas y queremos que eMule tenga la misma configuración para todos, y hacemos clic en Siguiente:
Seleccionamos la carpeta en la que deseamos instalar el programa, o dejamos la definida por defecto. A continuación haremos clic en Instalar:
Hacemos clic en Siguiente:
Hacemos clic en Terminar:
En la siguiente ventana desactivamos la casilla Instalar Media Plus Toolbar (o la marcamos para que se instale, si así lo deseamos):
Al iniciar la aplicación por primera vez nos aparecerá la ventana de bienvenida, en la que haremos clic en Siguiente:
Especificamos un nombre de usuario, e indicamos si eMule debe iniciarse automáticamente con Windows, y conectarse. Después hacemos clic en Siguiente:
En la siguiente ventana indicamos los números de puerto que debe usar eMule: los dejamos tal cual están y anotamos el número puerto de tipo TCP (54768, en este caso), pues lo necesitaremos más adelante. Haremos clic en Siguiente:
Comprobemos que están marcadas ambas casillas y hagamos clic en Siguiente:
Comprobemos que está activa la casilla de la siguiente ventana (es importante que lo esté, pues algunos proveedores de Internet bloquean conexiones provenientes de programas para compartir archivos), y hagamos clic en Siguiente:
Comprobemos que están activadas las casillas eD2K y Kad (es importante, pues con ello indicamos a eMule que se conecte a ambas redes de compartición de archivos). Dejaremos desactivada la casilla de abajo y haremos clic en Siguiente:
Una vez realizados todos los pasos, haremos clic en el botón Finalizar:
En este punto recomendamos no modificar las opciones que desconozcamos, ya que ello podría influir negativamente en el rendimiento del programa.
En primer lugar, será necesario abrir los puertos o darle acceso en el cortafuegos de Windows o en el que tengamos instalado, y/o abrir los puertos en nuestro router: el puerto de tipo TCP indicado anteriormente en la configuración (también podemos saber cuál es haciendo clic en el botón Preferencias y seleccionando en la izquierda la opción Conexión.
Podemos configurar también las velocidades de subida y descarga de eMule, limitándolas para reservar ancho de banda para otras aplicaciones, o quitando dicha limitación (si no sabes qué valores poner según tu línea deja los que están, ya que eMule los autodetecta).
Para explicarlo de forma más sencilla: imagina que tu conexión a Internet está formada por dos tuberías, una más ancha por la que llegan los datos a tu ordenador desde Internet, y otra por la que tu ordenador envía datos a Internet: si el caudal de datos de eMule llenara ambas tuberías, los demás programas que usaran dichas tuberías lo harían más léntamente.
Dentro de Directorios podemos configurar en qué carpeta se guardarán los Archivos temporales y en cuál los Archivos entrantes (los que se vayan descargando):
Dentro de Archivos, recomendamos activar la opción intentar transferir partes completas en todas las subidas (si no lo está):
En esta ventana podemos seleccionar también un Reproductor de vídeo, recomendable para que en caso de que estemos bajando algún archivo de ese tipo podamos previsualizarlo antes de que se haya bajado completamente (pues es usual que algunos archivos no contengan lo que indican en su nombre).
Es importante saber que eMule utiliza un sistema de créditos para 'premiar' a los usuarios que comparten más (ten en cuenta que a la vez que estás descargando algo, también lo estás compartiendo con otros usuarios) dándoles preferencia en las colas de espera para descargar archivos que tienen otros usuarios que se hayan descargado de nosotros (o no).
Por ello, para no perder dichos créditos (y que tampoco los pierdan otras personas que se han descargado de ti) es conveniente realizar periódicamente una copia de seguridad de la carpeta config que se encuentra dentro de la carpeta en la que hayamos instalado el programa (basta con copiarla a otra carpeta), para poder restaurarla en caso de que lo reinstalemos.
Si usas dicha copia de seguridad en más de un eMule a la vez en diversos ordenadores, probablemente dichos créditos queden inutilizados.
Para iniciar el programa iremos a Inicio, Todos los programas, eMule, o haremos doble clic en su acceso directo.
Observemos que si hacemos clic en el icono de la izquierda , eMule quedará minimazado en la barra de tareas de Windows con el icono 
: para volver a mostrar la ventana principal del programa haremos doble clic con el botón izquierdo sobre dicho icono.
En la parte superior de la ventana tenemos diferentes botones con las que realizaremos las diferentes acciones: conectarnos, buscar archivos, comprobar cuánto se ha bajado de cada archivo, etc.:
El icono en la parte inferior derecha, indica que eMule no se encuentra conectado a ninguna red de compartición de archivos: si no se le ha configurado para que se conecte automáticamente a las redes de compartición de archivos y/o servidores, lo haremos manualmente haciendo clic en el botón Conectar.
En este punto es muy importante saber que ambas flechas de dicho icono deben estar en color verde , si no, eMule no estará adecuadamente conectado 
y no descargará los archivos a la máxima velocidad posible. Es posible que tarden un par de minutos en cambiar a color verde, en caso de que no lo hagan, intentemos volver a conectar.
Si hemos abierto los puertos y dado acceso a Internet a eMule, tal y como hemos indicado en la sección anterior, no deberíamos tener problemas para conectarnos correctamente.
También es posible que alguna ocasión (sucede con muy poca frecuencia), por problemas en las redes o servidores de compartición de archivos eMule no se conecte correctamente durante una periodo de tiempo.
Una vez realizada la conexión, en la parte derecha veremos información sobre la misma.
En caso de problemas de conexión podemos obtener más información haciendo clic en la pestaña Registro (parte inferior izquierda de la ventana).
Una vez eMule esté correctamente conectado, podremos usar su función de búsqueda: en la parte superior de la ventana principal haremos clic en el botón Buscar.
En Nombre introduciremos el de algún grupo musical, canción, película, etc., y haremos clic en el botón Comenzar.
Haciendo clic en la lista desplegable Tipo podemos filtrar por un determinado tipo de archivo (vídeo, audio, documento, etc.).
Haciendo clic en la lista desplegable Método indicaremos si deseamos buscar sólo en el servidor en que estamos conectados, en qué red, o que la búsqueda sea global (recomendado).
Transcurridos unos instantes, en la parte inferior se nos mostrarán los archivos encontrados, junto a su tipo, autor, tamaño, disponibilidad, fuentes...
Antes de bajar un archivo, es muy recomendable ordenar de mayor a menor por la columna Disponibilidad (haciendo clik sobre ella), que indica el número de usuarios que lo comparten (cuanto más personas lo tengan más rápidamente se nos bajará). También es necesario observar el porcentaje en Fuentes, pues indica el porcentaje de usuarios que lo tienen completo.
Por ejemplo: un archivo con Disponiblidad=1000 y Fuentes=0%, significa que lo están compartiendo 1.000 usuarios pero que nadie lo tiene completo (no se descargará nunca por completo, a no ser que el usuario que lo compartió primeramente continúe compartiéndolo un tiempo).
También es muy recomendable comprobar que la descarga es válida, sobre todo en caso de que estemos descargando un archivo encontrado en el buscador del propio eMule. Para ello, en la pestaña Tráfico haremos clic con el botón derecho en la descarga y seleccionaremos Mostrar comentarios, y a continuación en la ventana que se nos abre haremos clic en la pestaña Nombre: comprobaremos si todos o la mayoría de los nombres del archivo hacen referencia al que hemos descargado.
Haciendo clic en el botón Tráfico veremos información sobre las descargas activas, velocidad actual de cada una de ellas, las que han finalizado, etc.:
Según la imagen anterior, las partes en azul son las partes del archivo que restan por descargarse. La barra verde indica que el archivo se ha descargado totalmente.
La barra en amarillo y negro indica que el archivo se ha descargado completamente, pero no se ha copiado a la carpeta de entrada: sucede cuando no tenemos suficiente espacio en disco, o si estamos previsualizando el archivo. Según cada caso, liberaremos espacio en disco o dejaremos de previsualizar el archivo, y haremos clic con el botón derecho sobre la descarga y seleccionaremos Reanudar.
Es muy importante cerrar completamente el programa antes de apagar el ordenador, pues de no hacerlo podrían corromperse los archivos que se encuentre descargando.
Para cerrar eMule haremos clic en el icono y en el cuadro de diálogo que nos aparezca confirmamos que deseamos salir del programa.